通常，除菌过滤的验证过程涉及两个关键环节：一是对除菌过滤器本身性能的确认，二是针对具体工艺条件下的过滤效果验证。这些两部分工作虽然紧密相关，却各自独立且不可或缺。生产商通常负责执行第一步，即测试和确认除菌过滤器的性能参数，包括但不限于微生物截留率、完整性评估、生物安全性（毒性和内毒素）考察、流速与水压稳定性检验以及多次灭菌能力等。此外，还有可提取物释放量、颗粒物脱落情况以及纤维碎片检测也是必须覆盖到的领域。
至于第二步——过滤工艺验证，这是一系列针对特定介质和操作环境设计的一系列测试。这包括细菌截留效能评估、化学兼容性的实验室试验、新生成产品中的可提取物或浸出物分析，以及其安全性评估和吸附能力测定。在某些情况下，如产品作为润湿介质进行完整性测试时，还需额外考虑相关产品完整性的验证。
尽管这项工作可以由制造商完成，但最终责任归属于使用者，他们需要确保在实际应用中所采用的操作参数与允许极值范围在验证阶段都得到覆盖，并提供相应的证明文件。此外，由第三方机构如生产厂家或者专门的试验室来承担这项任务也是可能的情况。
