通常，除菌过滤验证不仅要确保除菌过滤器本身的性能，也必须对整个过滤工艺进行严格的验证。这些两个方面是相互补充而非替代的，需要独立进行。对于除菌过滤器本身来说，其性能确认通常由制造商负责，包括但不限于微生物截留能力测试、完整性评估、生物安全性检验（如毒性和内毒素测试）、流速和水压试验、多次灭菌循环测试以及颗粒物释放和纤维脱落等参数。
另一方面，过滤工艺验证则针对特定的待处理介质和具体工作条件进行，这一过程可能涉及细菌截留能力试验、化学兼容性评估、产品中的可提取物或浸出物分析，以及安全性评价和吸附效率测定等内容。如果在经过净化后的产品中使用作为润湿介质，并且需要执行完整性测试，那么还需进一步开展相关产品完整性的验证工作。
此类除菌过滤工艺验证可以由设备用户自行完成，也可以委托生产厂家或第三方检测机构（例如专业实验室）来执行。不过，无论哪种方式，最终责任人应确保在实际生产环境中操作参数与允许范围已经涵盖在验证过程中，并提供相应的证明文件以支持这一点。
