政策执行力度不足
在现有的法律体系中，虽然生态补偿政策被明文规定，但实际操作中缺乏足够的执行力度。地方政府往往因为资金紧张或者其他经济考量而推迟甚至放弃了对破坏环境资源行为进行补偿的情况。这种情况导致了生态保护工作无法得到有效保障，从根本上影响了生态补偿制度的效果。
补偿标准不合理
生态补偿标准通常是根据受损环境价值来设定的，但由于数据获取困难和评估复杂性，这些标准往往不能准确反映出受损区域的实际价值。这使得一些项目或活动在理论上需要支付相对较高的环保费用，但实际支付的是远低于理论值，这样就削弱了生态补偿制度对于防止环境恶化作用。
监管体系不健全
监管部门对于违规企业和个人实施罚款、罚款等措施时，存在滥用职权、徇私舞弊等问题。没有一个严格、高效且公正的监管体系，使得那些应该承担责任的人和单位能够逃避责任，从而减弱了加强生态补偿制度的心理压力。
社会认知与参与度不足
社会大众对于自然资源和环境保护缺乏足够认识，不理解其长远意义，因此对环保法规持有消极態度。在这个基础上，人们很少积极参与到环保活动中去，也就失去了作为社会监督者对加强生态补偿制度提出建设性的意见的一部分力量。
经济发展优先考虑
随着国家经济快速发展，对于产业升级转型带来的短期利益最大化倾向非常浓厚，而这直接导致了一些行业为了追求短期收益而忽视长期可能产生的环境后果。因此，在面临经济增长与环境保护之间选择时，有时候更倾向于选择前者的结果也限制了加强生态补偿制度所需的一系列改革举措。
技术支持不足
在当前技术水平下，对于如何科学评估受损程度以及如何合理定位应付金额等方面还存在诸多挑战。此外，由于技术进步缓慢，我们仍然依赖传统方法来处理这些问题，加之数据管理及分析能力有限，更增加了技术层面的难题，使得不是加强生态補償制度的理由更加充分。
