经济成本高昂
在考虑加强生态补偿制度时，首先需要对其实施所需的经济投入进行深刻审视。生态补偿本质上是一种市场机制，它通过提供一定的金钱或其他形式的补偿来鼓励农民和企业采取环保措施。但是，这样的补偿往往会给国家带来巨大的财政压力。例如，在中国南方某些地区为了保护生物多样性，政府可能会向当地居民支付一笔金额以换取他们不开发自然保护区内的土地。这笔费用虽然对于单个家庭来说微不足道，但如果扩大到全国范围，其累积影响不可小觑。
政策执行难度大
尽管理论上讲，加强生态补偿制度可以更好地促进环境保护，但在实践中却面临着诸多挑战。首先，对于许多农民而言，他们可能并不具备正确处理这些问题所必需的一定的专业知识和能力。此外，即使政府提供了相应的资金支持，如果缺乏有效监督机制，那么这部分资金很容易被滥用或者没有达到预期效果。
市场失灵现象
市场经济下的一个常见问题是“公害”现象，即由于生产过程中的污染对社会造成了负面影响，而这一损失并未完全反映在产品价格中。在这种情况下，简单增加一些金钱上的“补偿”可能无法充分解决问题，因为它不能改变消费者购买决策背后的根本原因。
法律法规不完善
目前很多国家包括中国，都还存在法律法规方面的问题，比如环境监管力量不足、执法力度不够等，这导致即便有了生态补偿制度，也难以为之发挥作用。只有当相关法律法规得到完善，并且能够有效执行时，才能真正提高生态补偿系统的效率和效果。
社会心理因素影响
另外，从社会心理角度看，一些地方农民对保护自然资源可能缺乏足够的情感认同或者利益驱动，因此即使政府提供了较高额度的補償，他们也可能选择将土地用于更有利可图的事业，如房地产开发等。如果长期如此，那么原来的目的是为了维护环境质量，将变得无从谈起。
生态系统复杂性
最后，不得忽视的是，地球上的各种生物群落及其功能间错综复杂，它们之间相互依赖形成了一套庞大的网络。而人类活动往往只关注局部优化，而忽略了整体平衡。这意味着即使是在没有直接经济收益的情况下，也需要通过教育引导、科技创新等手段来提升公众对于自然环境重要性的认识，以此推动更加全面而持久的地理空间管理计划。
