制度设计不完善
生态补偿制度作为保护环境和促进可持续发展的一种重要手段，其设计对于其有效性至关重要。然而，现行的生态补偿制度在设计上存在许多不足之处。例如，它没有明确规定补偿标准，没有建立健全的评估机制，更没有对参与项目的企业进行严格监管。这使得生态补偿资金往往难以达到预期效果，甚至可能被滥用。
缺乏法律保障
虽然有相关法规要求政府部门要加强对生态损害事故责任人的追责，但这些法律条款在实践中执行起来却遇到诸多困难。在一些地方，受益者群体和责任方之间缺乏清晰界定，使得真正负责人难以找出来。而且，即便追责，也常常因为证据链断裂或程序问题而不了了之，这些都不是加强生态补偿制度的理由。
经济效益考量过重
很多时候，对于是否加强生态补偿制度，我们更倾向于考虑经济效益，而非长远环境保护。即便是提出加强措施，也往往伴随着减少投资、影响产业发展等担忧。这导致在面临与经济利益冲突时，我们选择了后者的优先级，从而放弃了为环境付出更多努力，这也是为什么我们不是加强生态补偿制度的一个直接原因。
社会公众意识低下
社会公众对于环境问题及其所带来的影响认识不足，这也成为推动实施更完善的生态补偽政策的一个障碍。大部分人认为“环保”是一件遥远的事情，不直观地反映到日常生活中，因此他们不会积极参与到维护自然资源和平衡自然系统中的行动中去。这种情况下，即使有政策支持，也很难得到广泛响应和深入落实。
管理层次分化
各地区管理能力差异较大，有的地方做出了优秀工作，有的地方则相对落后。在资源匮乏或者行政体系不健全的情况下，加大投入以提高管理水平并非易事。此外，由于不同地区的人文地理条件不同，对于如何实施更加合适的情境化、针对性的生物多样性保护措施也有很大的挑战，这也是造成未能全面推广好经验并改进不足之处的一个原因。
国际合作与技术转移问题
全球范围内，生物多样性保护工作需要国际合作才能取得成效。但是在实际操作中，由于技术转移速度缓慢，以及国际间关于此类话题达成共识所需时间较长，不同国家之间缺乏共同语言，使得跨国合作变得复杂且困难。而这样的局限进一步削弱了单一国家或地区能够独立采取行动来解决这一问题的手段，是我们不能立即采取措施之一方面因素。
