闽江河口湿地，作为福建最大的原生态河口湿地，也是东亚—澳大利西亚鸟类迁徙通道上的重要驿站，每年吸引逾10万只候鸟。这里的“三宝”包括中华黑嘴端凤头燕鸥、勺嘴鹬和黑脸琵鹭，这些极危和濒危鸟类在人类的视野中一度消失，但2000年再次被发现。特别是中华黑嘴端凤头燕鸥，因其独特的羽毛，被称为“神话之鸟”。自从2004年它出现在闽江河口湿地，它们每年都会从马祖岛飞来，在这里嬉戏、求偶。
保护区管理处副主任杨文秀指出，随着长乐市政府建立了县级自然保护区，并且在2013年成为国家级自然保护区，闽江河口的鸟类数量显著增加，小天鹅数量从70多只增加到400—500只，而黑脸琵鹭则从10多只增加到近百只。此外，由于湿地对水质净化作用，对防止海水倒灌起到了关键作用，为长乐和福州市区提供了饮水安全保障。
深秋时节，当中华黑嘴端凤头燕鸥南下寻找温暖家园时，其他如黑脸琵鹭、勺嘴鹬等北方候鸟也开始涌入。这一地区正在制定《福建省湿地保护条例（草案）》，旨在遏制过度开发侵蚀湿地的情况，使这些珍贵生态系统得到更好的保护。
