闽江河口湿地，作为福建最大原生态河口湿地，占地2100公顷，是东亚—澳大利西亚鸟类迁徙线上重要停靠站，每年吸引逾10万只候鸟在此觅食、繁衍、栖息和越冬。据福建省观鸟会会长杨金介绍，这里拥有“三宝”：中华黑嘴端凤头燕鸥、勺嘴鹬和黑脸琵鹭，它们都是极危或濒危的鸟类，其中尤以中华黑嘴端凤头燕鸥为珍贵，其独特羽毛被誉为“神话之鸟”。2004年，该物种首次出现于闽江河口湿地，并自那时起每年从马祖岛飞来，在这里嬉戏求偶。
截至目前，全世界仅存不足100只中华黑嘴端凼头燕鸥，而在闽江河口湿地最多时期曾发现16只。保护区管理处副主任杨文秀指出，随着自然保护区的建立，包括国家级自然保护区等级提升，以及《福建省湿地保护条例（草案）》的审议，将有助于遏制对这片珍贵生态环境的侵蚀与开发，从而保障长乐及福州市区饮水安全，同时促进更多候鸟返回，如小天鹅数量增加至400-500只，小琵鹭近百只。此外，由于湿地过滤净化作用有效阻止海水倒灌，为城市提供了清洁水源。
