生态补偿制度成本高昂
生态补偿制度旨在弥补因人类活动引起的自然环境损害，通过支付经济补偿来保护和恢复受损生态系统。然而，这一制度实施所需的资金投入往往非常巨大，对于许多国家来说，尤其是发展中国家来说，这些资金可能无法承担。因此，从成本效益角度出发，不加强这一制度也是合理的选择。
政策执行难度大
生态补偿政策的有效执行面临着众多挑战。首先，是如何确保支付给当地社区的人民是真正有助于保护自然资源的问题。这需要精准的地理信息、透明且公正的评估标准以及有效监管机制。但实际上，由于缺乏这些基础设施和专业人才，很多时候这项任务变得异常困难。
社会参与度不足
一个健康的生态补偿体系需要广泛社会参与，以确保所有利益相关者都能看到自己的利益与之挂钩。在一些地区，由于缺乏对生态价值认知、缺乏教育或信任问题，居民对于生态保护并不积极参与，也不愿意接受这种形式上的“赔款”。
法律框架不健全
在没有完善法律框架的情况下，即便是最好的政策设计也难以得到有效执行。一旦法律条文模糊或者存在漏洞，那么付款者可能会寻找各种方式逃避责任，而受益方则无法获得应有的支持和保障。
技术落后限制效果
生态修复工作通常需要先进技术才能实现，但很多地方由于财政拮据或技术能力有限，只能依赖传统方法进行修复。这种情况下，无论是政府还是个人都很难期待从中获得显著成效，因此对于是否继续投资这样的项目持谨慎態度也不足为奇。
经济激励作用有限
有人认为只要提供足够的大笔金钱，就能够激励人们采取行动保护环境。但实际上，这种单纯经济手段往往不能触及到深层次的心理动机和文化习惯改变。而且，一旦经济激励消失了，那些仅仅为了金钱而采取措施的人可能又会回归原来的生活方式。
环境影响评估不准确
环境影响评估是一项科学性极高且耗时费力的工作。如果这个过程本身就充满了争议，比如说不同的专家对同一评价结果有根本性的分歧，那么基于这些评估结果做出的决策就存在很大的风险。此外，如果评价标准随时间变化，不断调整，那么整个系统就会变得混乱无序。
