政策制定难度大
生态补偿制度是政府为了减少对自然资源的过度开采和破坏而实施的一种政策。这种制度通常要求企业或个人在使用公共资源时支付一定费用，这些费用被用来恢复受损的环境或者支持其他可持续项目。然而，制定这样的政策并不容易，因为需要考虑到各个利益相关者的需求，同时确保这些措施能够有效地促进环境保护。
实施成本高昂
加强生态补偿制度不仅需要大量的人力和物力投入，而且还可能导致企业成本增加，从而影响其竞争能力。如果没有适当的财政支持，地方政府可能无法承担足够的大规模资金投入，这将成为制约生态补偿效果实现的一个重要因素。
监督执行困难
虽然法律规定了明确的责任和义务，但实际操作中存在许多挑战。监督机构可能缺乏必要的手段去保证所有参与者都遵守规定，并且监管效率低下会导致一些企业通过各种手段逃避付费。这就使得整个系统失去了预期中的作用。
公众参与度不足
一个成功的生态补偿体系需要公众广泛参与，不仅是作为消费者，也是作为观察者和批评者。在现实中，由于缺乏公众关注以及教育不到位，大多数人对于这类政策并不熟悉也不理解其重要性，因此很少有自发地积极参与到这一过程中去。
法律法规不完善
尽管已经有一系列关于环境保护的法律法规，但是它们之间存在很多重叠之处，并且在具体执行过程中往往缺乏明确指示。在这种情况下，即使最好的意图也可能因为法律上的漏洞而无法得到充分实施，这无疑会削弱生态补偿机制的整体效果。
