在进行非最终灭菌产品的过滤除菌操作时，必须遵循以下规定：首先，不得将可最终灭菌的产品用过滤除菌工艺替代掉最终灭菌过程。如果药品无法在其最终包装容器中实现灭菌，可以通过使用0.22微米或更小、相同或更高过滤效率的除菌过滤器，将药液通过它，然后再将药液倒入已经预先进行了灭菌处理的容器内。由于目前我们无法完全依靠这些过滤设备来排除病毒和支原体，我们通常会采取热处理措施来补充它们不足的地方。
为了降低在整个过滤过程中的风险，我们应该采取一系列措施。在实际操作中，我们建议至少安装两台已被彻底消毒的除菌过滤器，以便药液能经过第二次筛选。此外，最终用于灌装之前的一次筛选应当尽可能地接近灌装点。
一旦使用完毕，所有涉及到筛选环节的设备都需要接受检查，并且记录下检查结果。常用的检查方法包括起泡测试、扩散流试验或者压力保持测试。
此外，对于每种类型的生物制药生产线以及输液系统（如图一所示），API原料药和其他需要特殊处理的大型输液（如图二所示），以及对抗蛋白质等敏感物质进行精细分离（如图三展示）的技术都要求经过严格验证。这包括确定每次要通过多少量化单位数量的人类免疫球蛋白以完成整个周期，以及测量出现在两个端口之间产生的大气压差。任何偏离正常时间或压力的异常情况都必须被记录下来，并进一步调查其原因，这些结果也应纳入批发生产记录中。而同一种规格与型号的手动式真空泵和带有自我监控功能的小型输液泵对于使用限制也需根据验证结果来决定，一般不超过一个工作日。
