一、经济成本的担忧
加强生态补偿制度意味着增加对自然资源的保护费用，这对于企业尤其是那些依赖于大规模开采矿产、伐木等活动的企业来说是一个沉重的负担。他们可能会认为这样的额外成本会影响到公司利润，甚至威胁到公司存续。
二、监管效率的问题
尽管理论上说有了更完善的生态补偿机制，可以更好地调节市场行为，但实际操作中面临着严峻挑战。例如，如何确保每一个参与环保活动的人都得到公平合理的补偿？如何避免出现腐败现象，让资金被滥用？这些问题需要解决才能让生态补偿制度真正发挥作用。
三、政策执行难度
政府推行新的法律法规需要时间和精力去实施，而且往往伴随着激烈的社会争议。在此过程中，如果没有足够强大的执行力度，不仅无法保证措施得以顺利实施，还可能导致民众对这一政策持怀疑态度，从而影响政策效果。
四、公众意识不足
为了成功实施加强生态补偿制度，我们需要提高公众对于环境保护重要性的认识。但目前来看，大多数人仍然缺乏关于环境问题深入了解，对于个人行为对环境影响不够敏感，这使得整个社会难以形成持续推动环保行动的情绪基础。
五、技术与创新限制
在一些领域，比如生物多样性保护或者气候变化适应策略，技术上的瓶颈限制了我们的能力去进行更加有效的地理空间规划和资源分配。而要实现有效地“付出”给自然（即支付生态服务），我们首先必须拥有足够先进且可靠的手段来量化和评估这些服务价值，以便进行相应的心智账户管理。
六、私有土地使用权冲突
在很多情况下，加强生еко复助系统要求政府或私人机构介入农田或森林等私有土地管理，这样的干预很容易引起当事人的抵触，因为他们认为自己的财产权益受到侵犯。因此，在设计这样的机制时，必须巧妙处理这种潜在冲突，同时确保所有相关方都能从这个新体系中受益。
七、新兴科技带来的变革可能性探索
虽然目前存在诸多障碍，但同时也值得期待的是新兴科技，如区块链技术，它可以帮助建立透明、高效且廉洁的地理空间数据记录系统，为我们的未来努力提供可能性的支撑。如果能够巧妙利用这些工具，我们就可能发现一种既能满足各方面需求又不必牺牲太多经济成本的情况下的解决方案。
