生态补偿成本过高
生态补偿制度的实施往往伴随着巨大的经济成本。为了保护某一片森林或自然湿地，企业和个人需要支付大量资金用于植树造林、生物多样性恢复以及其他环境保护措施。这对于很多企业来说是一个沉重的负担，不仅会影响其生产成本，也可能导致产品价格上涨，从而对消费者造成压力。在一些资源匮乏或者发展水平不高的地区，更是难以承受如此高昂的费用。
法律执行力度不足
尽管有了生态补偿制度，但在实际执行过程中存在诸多问题。例如，一些地方政府由于缺乏有效监管机制，导致违法行为频发，环境破坏仍然无法得到有效遏制。此外，由于法律规定松散，对于违规行为进行处罚也不够严厉，这也是一种形式主义，不利于真正解决环境问题。
依赖单一手段
当前生态补偿主要依靠金钱作为激励手段，即通过财政拨款或者市场化交易方式来实现。但这种单一的手段在面对复杂多变的环境问题时显得力不从心。例如，在一些特殊情况下，比如自然灾害后，要想迅速恢复生态平衡，单纯投入资金是不够的，还需要技术支持、物资调配等综合措施。
缺乏公众参与感
生态补偿政策往往被视为政府与企业之间的一项协议，而非公共事务，因此容易忽视公众参与和监督。在没有充分动员社会各界共同参与的情况下，无论如何完善政策，都难以取得最佳效果。而且，当政策受到质疑或争议时，由于缺少广泛接受和认同，它们更容易受到攻击和修改。
面临伦理道德挑战
在实施生态补偿的时候，我们面临着一个深刻的问题：当采伐或开发活动给予了金钱上的“赔礼道歉”，是否真的能够弥合损失？这个过程中涉及到价值观念、文化差异以及不同群体间权力的平衡等多方面因素。如果不考虑这些伦理道德层面的问题，那么无论付出多少金钱，都无法真正解决深层次的问题。
