技术难题：
污水处理技术在面对复杂化学组合和微生物混合物时，常常遇到挑战。例如，对于含有高浓度有机物、药品残留、重金属和其他不易降解的污染物，传统的物理化学方法往往难以有效去除。此外，随着工业废水中的新型污染物不断增加，如农药残留、人工肥料等，这些都为现代污水处理带来了新的考验。
能源消耗问题：
污水处理过程中需要大量能源来驱动各种设备如沉淀池、过滤装置和生物反应器。这些设备对于稳定运行依赖于电力供应，而在某些地区尤其是发展中国家，电力供应不足或昂贵。这导致了能源成本占比较高，对环境保护工作造成了一定的压力。
投资成本高：
建设和维护一个现代化的污水处理厂需要巨大的财政投入。不仅如此，还要考虑未来可能出现的升级改造费用。在经济困难或者资源匮乏的情况下，为此付出代价是一项艰巨任务。
空间限制：
在城市规划有限的情形下，要找到合适的地理位置建设大型排放设施是一个重要课题。特别是在人口密集区，这种情况更为严峻。而且，即使找到了合适地点，在施工过程中也可能会影响周围居民生活质量。
社会接受度低：
对于一些社区来说，将工业废弃物排放到公共环境中是他们无法接受的事情。因此，无论从法律还是道德角度来看，都必须确保所有产生的废弃物得到妥善处置。不过，由于人们对环保意识提升，一些社区开始要求更高标准的环境保护措施，从而给予了更多支持给绿色工程项目。但这种转变仍然存在许多挑战，比如资金支持不足等问题。
