在推进生态环境保护的过程中，加强生态补偿制度是政府和社会各界共同关注的话题。然而，在实际操作中，尽管有诸多优惠政策和法规支持，但仍然存在一系列困难和挑战，这些都是我们探讨“不是加强生态补偿制度的理由”的重要内容。
首先，法律法规与实践之间存在较大差距。这主要体现在监管执行力度不够上。在理论上，相关法律规定了明确的标准和要求，但是在实施过程中，由于缺乏有效的监督机制，很多地方政府或者企业并没有将这些规定严格落实到位。例如，一些企业为了节省成本，不但未能按时支付生态补偿款项，而且还可能采取各种手段逃避责任。这就导致了环境保护效果无法得到预期的提升，也直接影响了整个系统运行效率。
其次，资源配置不合理也是一个重要原因。一方面，由于资金有限，对于需要进行环境治理的大型项目来说，加大投入成为了一项巨大的压力；另一方面，即便有资金，也往往分配得过于平均，不利于资源高效利用。这种现象使得一些关键环节或地区因为缺乏足够的人力、物资等资源而无法有效地进行环境修复工作，从而减弱了整体对生态补偿体系加强所带来的积极作用。
再者，公众参与度不足也是一个阻碍因素。在某些情况下，虽然政府通过媒体宣传等方式提高了公众对于环境保护意识，但真正参与到具体行动中的个体依然相对少数。此外，由于缺乏必要的手段或渠道，大多数居民在为自己的生活出力的同时，并未充分发挥自己的力量去支持那些旨在恢复自然平衡的项目。这种低水平参与状态限制了广泛社会力量为打造完善生物多样性保护网络贡献力量。
此外，还有一点不得不提的是市场机制问题。在中国经济快速发展背景下，以市场化手段促进可持续发展已经成为国策之一。但是在实际操作中，要想通过市场机制来实现生物多样性保护面临着许多挑战，如如何设定合适价格机制以激励企业投资环保、如何建立健全绿色产品认证体系以及如何引导消费者倾向购买环保产品等问题都尚待解决。如果这些问题不能得到妥善处理，就很难形成一种能够有效推动生物多样性恢复与增殖的手段。
最后，我们也不能忽视国际合作上的局限性。在全球范围内，对生物多样性的威胁日益增长，而单边努力往往难以取得显著成效，因此国际合作成为了应对这一挑战的一个关键途径。不过，在国内层面，如果国际经验转化不到位，或是由于文化差异、语言障碍等因素影响交流合作，那么即使国际层面的努力非常成功，也会被国内实际应用中的不足所抵消，从而影响到整个国家级别以上对于加强生态补偿制度所作出的努力效果。
综上所述，加强生态补偿制度面临着诸如法律法规与实践间差距、资源配置不合理、公众参与度不足、市场机制问题以及国际合作局限性的种种挑战。而解决这些问题需要从立法层面进一步完善监管体系，同时要增加公共服务能力，以提高民众参与程度；同时，要鼓励企业采用更加环保友好的生产模式，并且应该更好地利用全球资源共享，为中国本土之外开展更多跨国项目提供支持。此举将有助于全面提升我国在保障生物多样性的能力，使之能够更好地融入全球范围内关于这类议题展开的一系列活动中扮演领导角色。
