首先，经济效益与社会成本的平衡。加强生态补偿制度意味着增加对环境保护和自然资源恢复的投入，这些投入会直接影响企业和个人的短期利润。在一些发展中国家或地区，经济增长仍然是政府政策的核心目标，因此，不愿意在当前阶段牺牲经济效益来加大对生态系统服务的补偿。
其次，法律法规执行难度较大。虽然理论上讲，加强生态补偿制度可以促进可持续发展，但实际操作中面临诸多挑战，如缺乏明确的法律框架、监督机制不完善、公众意识不足等问题导致了生态补偰措施效果不佳。
再者，国际合作与技术转移问题。对于某些国家来说，与国际组织合作获取技术支持和资金援助往往更为重要。这可能意味着它们需要在其他领域取得突破，比如农业生产力提升或者基础设施建设，而不是单方面地推动环境保护工作。
此外，对于新兴产业而言，其市场潜力巨大且增长速度快，因此投资者倾向于将资金投向这些高回报率项目，而不是长远、高风险但又具有潜力的环境保护项目。
另外，对于政府而言，加强生态补偰制度需要长期稳定的政策支持和资金保障，同时也要求改进现有的行政管理体系，以便更有效地监管企业行为并追究违规责任，这一过程既耗时又耗力。
最后，从全球视角看，一些国家或地区可能认为，在当前全球气候变化、大规模退耕还林等国际热点议题面前，加强本国内生的治理能力比单纯加强国内生物多样性保护更加紧迫和必要。此外，由于各国发展水平不同，他们所面临的问题也有所差异，因此在选择优先事项时，也会考虑到自己的具体情况。
