生态补偿制度的实施成本过高
生态补偿政策的目的是为了保护自然资源和环境，但其实施过程中往往忽视了经济效益。生态保护措施往往需要大量财政投入，导致国家财政负担加重，这对于一些经济发展水平较低的地区来说是一个沉重的打击。例如，一些企业在进行环境治理时，不仅要承担高额费用，还可能因为成本压力而减少生产规模或甚至关门大吉。这不仅影响了企业自身利益，也间接影响了就业市场和整个社会经济稳定。
生态补偿机制缺乏透明度与公正性
目前生态补偿制度中的项目评审、资金分配等环节存在很大的不透明度和不公平性问题。有些项目可能因为关系网或者权力操作，而非真正对环境有实际贡献，就能获得巨额资金支持。而真正致力于环境保护工作的小型民间组织由于缺乏资源和渠道，难以获得相应支持。这导致了一种现象，即“金钱决定命运”，这与生态保护初衷背道而驰。
生态补偿措施执行效果有限
虽然生态补偿制度在一定程度上促进了部分地区的环境改善，但整体来看其效果远未达到预期。在某些情况下，受惠对象并没有将所得用于有效地维护或恢复自然环境，而是用于其他目的，如增值经营或者个人消费。此外，由于监督机制不健全，对于违规行为处罚不足，因此许多地方政府为了迎合中央政策，只是表面上完成任务，并没有从根本上解决问题。
生態補償機制對於小農戶影響深遠
对於小型农户而言，他们通常不是直接参与到大规模工业活动中去，因此他们并不被视为主要责任方。但是在实施生態補償時，小農戶常常無法獲得足夠的地位參與決策過程，這導致他們對於自己的土地管理方式變得更加依賴傳統做法，而這種做法卻會對環境造成更大的破壞。此外，小農戶因為資源限制，難以適應新技術、新方法，這使得他們難以從保護生物多樣性的角度出發進行可持续农业实践。
不适应不同地区差异化需求
每个地区都有其独特的地理条件、气候特征以及发展阶段，这些因素都会影响到当地的资源利用模式及污染排放情况。如果一套“一刀切”的生態補償政策不能根据各自区域差异灵活调整，那么势必会导致一些地方出现滥用或无效使用资金的情况，从而削弱整个政策执行效果。此外，这也会引发社会矛盾，因为不同的区域对于如何实现可持续发展有着不同的理解和期待。
