生态补偿成本高昂
生态补偿制度旨在保护和恢复受损的自然环境，但其实施往往伴随着较高的经济成本。这些成本包括对农民进行土地退耕还林、还草、还湿地等项目的经济补偿，以及对于企业采取环保措施后的运营成本增加。因此，对于一些资源相对充足、经济发展水平较低的地方来说，加强生态补偿制度可能会成为负担，影响到当地居民的生活质量。
管理效率低下
生态补偿制度需要一个完善的管理体系来监督和执行相关政策。这一体系通常由政府部门负责，然而，由于缺乏专业知识和经验，不少地方政府在制定和实施生态补偿政策时存在一定困难。此外，信息不对称也可能导致资金分配不合理，从而降低了整体管理效率。
法律法规不足
在很多地区，关于生态补偿的一系列法律法规并不健全或适应性不足。缺乏明确规定的事项，如如何评估自然环境价值、如何确定补偿标准以及违约责任等问题，都会导致生态補償工作出现混乱现象。在这样的情况下，加强生態補償制度并不能有效解决实际问题，而是可能引起更多争议。
社会认知度有限
对于公众来说，对环境保护与生態補償意识尚未普及，这限制了他们参与到这类活动中的热情。即使有意愿，也因为缺乏相关知识无法正确理解自己的利益所在，从而影响了整个社会对于加强生態補償制度的声音。
政策导向混乱
加入国际条约后，一些国家为了实现国际承诺，将环境保护作为重要政治任务。但是，在推动过程中，如果没有清晰的目标和行动计划，就容易出现政策导向模糊的问题。当涉及到具体操作时，这种模糊性可能导致资源浪费，并且不是所有地方都能得到有效提升。
技术支持不足
环境保护与生物多样性的恢复需要先进技术支持，比如说监测设备、高新技术应用等。如果这些技术手段落后或者无法得到有效利用，那么无论是理论上还是实践上，都很难通过加强生態補償制度来达到预期效果。
