政策执行难度大
生态补偿制度的实施需要政府和市场之间的紧密合作。然而，这种合作往往面临着巨大的挑战。首先，政府部门可能缺乏有效监管手段来确保企业遵守相关规定。此外，即便是有意愿执行政策的企业，其资源和能力也可能不足以完成复杂且耗时的生态保护项目。此外，地方政府在实际操作中可能存在追求短期经济利益而忽视长远环境保护的问题。
社会公众参与度低
生态补偿制度依赖于社会公众对环境问题的认识和参与。但是，由于人们普遍关注的是日常生活中的直接收益，而不是未来可能发生的问题，因此他们对于生态补偿政策并不热情。这导致了缺乏必要的人力资源投入到生态修复工作中。更重要的是，没有足够的人群支持，使得这项制度在推广过程中遇到了阻碍。
法律法规不完善
为了确保生态补偿制度能够顺利运行，需要一套完整、严格且可行的地方法规体系。不过，在很多国家和地区，这样的法律体系还未形成或存在许多漏洞。这使得企业在支付费用时可以找到各种方式逃避责任，并减少了对自然资源采挖利用带来的负面影响，从而削弱了整个系统的效果。
经济成本高昂
对于那些从事大量开采矿产、伐木等活动的大型公司来说，支付额外费用去进行环境修复是一个沉重负担。这种额外成本可能会加剧其竞争压力，同时影响它们为股东提供回报。在一些发展中国家，由于资金有限，对于这些企业来说增加支出是一种很大的压力，因此，他们倾向于寻找节约成本的手段，以维持自身经营状况。
技术应用有限
在实施生态补偿措施时，还需要依靠先进技术来提高效率并保证质量。不幸的是，在许多地区尤其是在较贫困或偏远的地方，技术支持不足。如果没有适当的技术指导，那么即使付出了巨大努力，也无法达到预期目标，从而降低了整个系统的成效。而且，由于科技进步速度快，一些旧有的解决方案很快就会变得过时，不再适用于新的情况下。
