闽江河口湿地，作为福建最大的原生态河口湿地，也是东亚—澳大利西亚鸟类迁徙通道上的重要驿站，每年吸引逾10万只候鸟。这里的“三宝”包括中华黑嘴端凤头燕鸥、勺嘴鹬和黑脸琵鹭，这些极危和濒危鸟类在人类的视野中一度消失，但2000年后再次被发现。特别是神话之鸟——中华黑嘴端凤头燕鸥，它曾经在63年的时间里无踪影，直到2004年重新出现在闽江河口湿地上。
据统计，全球存活的中华黑嘴端凤头燕鸥数量不足100只，而在闽江口湿地一次最大时观察到了16只。这一地区由于建立了保护区，如长乐市政府于2003年建立县级自然保护区，再于2007年升级为省级自然保护区，并在2013年6月成为国家级自然保护区，这些措施有效提升了此处生物多样性。
自从设立这些保护措施以来，来此越冬的小天鹅数量增加至400-500只，比之前的70多只增长显著；黑脸琵鹭也从10多只增至近百只。此外，由于其对水质净化作用，该地区有效阻止了海水倒灌，为周边城市提供了饮用水保障。
随着季节变换，9月份，《福建省湿地保护条例（草案）》即将审议通过，将严格禁止对这片重要生态环境的侵蚀与过度开发。
