闽江河口湿地，作为福建最大的原生态河口湿地，也是东亚—澳大利西亚鸟类迁徙通道上的重要驿站，每年吸引逾10万只候鸟栖息、繁衍和越冬。据福建省观鸟会会长杨金介绍，闽江河口湿地拥有“三宝”——中华黑嘴端凤头燕鸥、勺嘴鹬和黑脸琵鹭，这些都是极危或濒危的鸟类中的一员。尤其是中华黑嘴端凤头燕鸥，它曾在人类的记忆中消失63年，直到2000年才在马祖岛再次被发现，被称为“神话之鸟”。自2004年以来，“神话之鸟”每年的4月至9月都会从马祖岛飞往闽江口湿地，在这里嬉戏求偶。
根据最新的统计数据，目前全球仅存不足100只中华黑嘴端准头燕鸥，而在闽江口湿地一次最多时期可观察到16只。此外，由于保护区的建立，如长乐市政府设立县级自然保护区（2003）、省级自然保护区（2007）以及国家级自然保护区（2013）的升级认定，以及《福建省湿地保护条例（草案）》将提交审议，这些措施有效提升了该地区水质，对保障当地居民饮用水安全起到了关键作用。同时，深秋时节，小天鹅从70多只增加到400—500只，小琵鹭数量也由十几只增至近百只。这一切都证明了合理的人文活动与环境保护之间可以实现平衡发展。
