政策制定不够透明
生态补偿制度的设计和实施过程中，缺乏足够的透明度，这是导致公众对此制度持怀疑态度的一大原因。政府在制定补偿政策时，往往没有充分听取社会各界的声音，更未能向公众详细解释其决策依据和执行机制。这种信息不对称严重影响了民众对于补偿项目合理性的认可，从而降低了他们参与并支持这些项目的积极性。
经济效益与环境保护之间矛盾突出
尽管生态补偿制度旨在通过经济手段鼓励企业和个人采取环保措施，但实际操作中却常常出现经济效益与环境保护目标之间冲突的情况。一些企业为了获取更高的补偿金，他们可能会选择以牺牲自然资源为代价来增加产量，而不是真正地进行环保投资。这种现象使得公众质疑生态补偿是否真能有效促进环境保护。
监管执行力度不足
生态补偽系统中的监管力量不足，也是导致这一制度效果不佳的一个重要因素。一旦某些企业或个体违反规定、逃避支付或者非法获利，那么整个体系就容易崩溃。此外，由于监管机构的人员和财力的限制，其监督检查能力有限，加剧了问题发生后难以追责、纠正的问题。
公共意识水平普遍较低
在许多地区，关于生态保护以及其重要性等方面，公共意识普遍存在提升空间。这意味着虽然有政策要求进行环境改善，但很多人并不理解这些行为对于长远发展所带来的好处，因此可能不会积极参与到相关活动中去。因此，要想提高生态补偼工作的成效，就必须加强教育宣传，让更多的人认识到自己的行动如何影响自然环境。
资金投入不足且分配不均
另一个关键问题是资金投入不足，并且分配不均。在一些偏远地区，由于财政收入有限，对于推广绿色生产方式提供支持的资金总是显得捉襟见肘。而那些经济发达地区则拥有更多资源用于开发新技术和创新管理模式，这进一步加剧了贫富差距，使得原本旨在缩小这个差距的手段反而被利用来巩固既有的优势地位。
