污水处理技术的发展滞后
随着人口数量的不断增长和城市化进程的加快，污水产生量日益增加。然而，现有的污水处理技术在某些方面仍然落后于需求，尤其是在小城镇和农村地区，这些地方往往缺乏足够的资金来投资高效的污水处理设施。传统的生物池或简易生化池虽然可以对部分有机物进行分解，但对于含有重金属、氨氮、磷等难降解物质的问题，对环境造成长期影响。
污染物排放标准不一致
各国和地区在设定污染物排放标准时存在差异，这导致了跨境污染问题。在一些国家，由于监管松懈或者资源有限，无法严格执行排放限制，从而成为邻近国家环境质量下降的一个因素。此外，一些工业企业为了节省成本，有时会将超标废气和废液秘密排放到非法场所，从而逃避法律责任。
人工介入可能引起生态失衡
在自然过程中，大多数微生物是自发形成并且相互作用以达到最佳效能。但是，在人为干预的情况下，如加入过多的人造细菌种类或者不当调配养分，这可能会破坏原本平衡的大自然系统。例如，不恰当地添加化学品来控制藻类繁殖反而可能导致更多次性藻 bloom 的发生，而这些藻 bloom 可能对周围环境造成更大的负面影响。
经济成本与社会接受度问题
高效率、高质量的污水处理通常需要较高昂的心智投入。这包括设计、建造以及运行维护各种设备及设施。而对于许多开发中国家来说，加大财政投入用于改善公共卫生基础设施是一项巨大的挑战。此外，即使技术上可行，也要考虑到居民对新的环保措施是否愿意接受，以及如何确保这些措施得到广泛实施。
绿色循环经济理念不足推广
传统意义上的生产方式倾向于“取之无尽，用之如市”，这导致了资源浪费和环境破坏。在绿色循环经济理念尚未被普遍认可并应用的情况下，要实现资源再利用，并将废弃材料转化为原料，是一个复杂的问题。例如，将垃圾中的有机成分转化为肥料，或是使用塑料片制成其他产品，都需要一定程度上改变人们消费习惯和生产模式。
