首先，生态补偿制度的实施需要大量的前期投资。这些资金可以用于购买退耕还林、湿地恢复等项目，但这往往是短期内无法回收的支出。在现实中，政府和企业通常面临着严格的预算限制，这使得他们难以承担长期而高昂的生态修复成本。
其次，即便有了资金支持，也存在如何确保补偿效果的问题。生态系统是动态变化的，它们可能会因为自然因素或人类活动而发生变迁，因此单纯依靠金钱作为补偿可能不足以保证生态系统能够得到有效恢复。此外，由于监管缺失，部分企业可能会选择在名义上支付但实际上没有进行有效改善。
再者，加强生态补偿制度也要考虑到政策执行中的困难。由于不同地区的地理条件和经济发展水平差异较大，对于如何制定一套适合所有地方且具有普遍性效力的政策是一项巨大的挑战。此外，不同部门之间协调机制不够完善，也会导致政策执行出现阻碍。
此外，在实施过程中，还要面对社会公众的心理障碍。一些农民和居民对于土地使用权转让持有顾虑，他们担心自己的生活方式将被改变，或是认为受益有限，而付出的代价过大。这就要求在推行时必须做好充分沟通工作，以增加公众对这种转型模式接受度。
另外，加强生态补偿制度还需要处理好利益关系的问题。在一些情况下，工业污染源与周边居民之间存在明显利益冲突，当涉及到资源配置时，一方希望最大化自己的收益，而另一方则希望减少损失。因此，在设计补偿机制时，要考虑到公平正义原则，让双方都能在一定程度上获得满意结果。
最后，不是加强生态补偿制度的理由之一就是市场机制自身存在局限性。当市场价格不能反映完整环境成本的时候，比如空气质量提高或者水体净化等非物质性的公共产品，就很难通过简单的手段来实现足够高效率的资源配置。而且，由于信息不对称以及交易费用等问题，使得市场本身并不总能促进最佳资源配置。如果没有政府干预，这些非物质性的公共产品可能会因为缺乏足够激励而受到忽视，从而影响整个社会环境保护工作。
