一、经济发展的牺牲品
在追求高效率和快速增长的过程中，生态补偿制度被视为对经济发展的一种妥协。人们认为加强这种制度会增加企业成本，影响其竞争力，从而减缓经济增长速度。
二、法律执行难度
生态补偿制度需要政府严格执行相关法规，这是一项巨大的挑战。缺乏完善的监管体系和有效执法机制，使得不少违反规定的情形得以逃脱责任，这些都成为不加强生态补偿制度的一个理由。
三、资源分配的问题
从理论上讲，加强生态补偿意味着更多资源将投入到环境保护和恢复项目中。但实际操作中，由于资金有限，如何合理分配这些资源成为了一个棘手问题。不少人担心如果过多地用于补偿，将削弱其他社会领域的资金支持。
四、公众参与度不足
尽管政策制定者倡导公众参与，但在实践中，大部分环保活动仍然是由政府或大型企业主导。由于公众对环境问题认识不足，以及缺乏直接利益驱动，他们往往不积极参与到生态保护工作中来，这也使得一些人质疑加强生态补偿是否有必要。
五、技术进步带来的困惑
随着科技日新月异，对环境保护技术不断涌现出新的方法和工具，有些人认为这些创新可以代替传统意义上的生态补偿措施，因此，不必过早地加强现有的系统，而应等待更先进技术成熟后再调整策略。
六、国际合作与交流差距
不同国家对于环境保护与经济发展之间平衡关系有不同的理解与处理方式。在全球化背景下，如果每个国家都单独行动，加重自己的工业负担，而忽视了通过国际合作分享知识、经验和技术，以共同应对全球性环境问题，则可能导致某些国家因为无法承受额外成本而放弃加入或推迟实施更加严格的生态補償政策。
七、高层次决策者的认知偏差
即便是决策层也存在关于环境价值评估以及人类行为改变程度等方面的问题。这就像是在解决一个复杂数学题时，只能依靠直觉判断，而不是使用科学计算器一样，在没有充分信息的情况下做出决定，并不能保证最优解。此外，决策者的个人价值观念也会影响他们对于何为“最佳”的定义，从而影响他们是否愿意采取措施来加强生态補償体系。
八、中小企业面临压力增大
许多小规模企业由于资本雄厚且经营灵活，其适应市场变化能力相对较好。而对于这些小型企业来说，要承担额外费用进行环境治理则是一个沉重负担。这可能导致它们选择转移生产基地或者破产倒闭，从而进一步削弱了整个行业乃至整体经济结构稳定性。
