高昂的实施成本
生态补偿制度旨在对破坏自然环境造成损害的人或组织进行经济补偿，以鼓励其采取可持续发展措施。然而，这一制度的实施往往伴随着高昂的费用，包括评估和监测项目、支付给受益者以及管理机构运营等方面。这些成本对于政府来说是一个沉重负担，尤其是在资源有限的情况下，这可能会影响到其他社会福利项目和基础设施建设，从而削弱了生态保护工作的长期效力。
信息不对称的问题
在生态补偿机制中，信息不对称是常见问题之一。这意味着参与方（通常是企业或个人）掌握更多关于自己的行为及其对环境影响的信息，而受益方（如当地居民或环境保护组织）则缺乏相关知识。此种情况下，即使存在补偿机制，也难以实现公平交易，因为参与方可以通过各种手段减少自己的责任，从而降低支付额度。
法律法规上的不足
为了有效推动生态补偿政策得以实施，需要有完善且严格的法律法规作为支撑。但实际上，在许多国家和地区，由于缺乏相应法律框架或者法律执行力度不足，使得生态补偿制度难以为继。在一些地方，即便有相关规定，其执行效果也受到司法体系效率低下的限制，不利于维护公平正义。
管理层面的困境
一个健全的生态补偰系统要求具有专业知识和技术能力较强的人员来管理。如果管理人员水平参差不齐，那么整个系统运行效率就会大打折扣。例如，对于如何合理评估损失、确定赔付金额、监督项目进展等，都需要专业人士进行精准操作。而且，由于涉及到的环节众多，这些工作往往分散在不同部门之间协作，有时导致沟通协调出现问题。
社会认知程度与支持度问题
尽管理论上说每个国家都应该支持和推广绿色发展，但实际上很多人并没有真正认识到这种改变带来的好处，因此对于增加税收用于资金投入可能持保留甚至反对意见。此外，一些地方由于历史原因或者文化因素，对自然资源过度开发习惯深厚，对保护性措施持怀疑甚至抵触的情绪，加剧了推行这类政策所面临的问题。
