一、生态补偿制度的必要性
生态补偿制度作为一种重要的环境保护手段，旨在通过经济激励机制来鼓励和支持企业或个人采取可持续发展措施。然而，在实际操作中，这一制度面临着诸多挑战和问题。
二、不公平的分配机制
生态补偿制度的设计往往缺乏科学性，不够精细化。在一些地方，同样规模的企业或者相同类型的人群获得补偿标准存在较大差异，这导致了不公平的问题。例如，一些大型企业因为其对环境影响相对较小而获得更多的补偿，而那些在小范围内进行环保活动的小微企业却得到了更少甚至是零补偑。这不仅影响了这些企业的持续运营，也削弱了整个系统对于环境保护行动的一致性。
三、监管难度高
生态补偑体系中的监管工作是一个复杂且耗时耗力的过程。由于缺乏有效的手段和资源，很多时候无法准确地评估各个项目所产生的环境效益。此外，由于监督机构有限，其职能执行力度有待加强，使得部分项目可能会出现虚报或隐瞒数据的情况，从而降低了整个系统的透明度和可信度。
四、资金投入不足
为了实现真正有效的地理空间内外部性的最大化配置需要大量资金投入，但现实中许多国家政府财政预算有限，加之其他社会需求竞争激烈，导致对生态修复项目以及相关研究开发投资不足。这种情况下，即使是已经实施好的生态补赠政策也很难发挥出应有的作用，最终可能无法达到预期目标。
五、法律法规落后
目前很多国家对于生态補償法律法规还比较落后，不适应快速变化的地球环境保护要求。在这方面，如果没有及时更新完善相关立法框架，就会导致政策与现实脱节，使得推动绿色发展成为一个遥不可及的事情。此外，对于跨国公司来说，由于不同国家之间法律规定存在差异，他们可能会利用这一漏洞逃避责任，从而减轻其在某些地区造成污染后的经济负担。
六、技术限制与成本问题
尽管技术进步为我们提供了一系列解决环境问题的手段，但转变到更加清洁、高效等新技术仍然面临着巨大的成本壁垒。而且，由于许多新技术还处在研发阶段，因此并未形成规模化生产，有助于进一步推广应用。但如果不能合理安排好资本输入，将影响到这些前沿科技产品市场化进程，对提升整体产业结构具有积极意义的大量创新成果将被抑制下去。
七、高层次人才短缺
深入研究并实施高质量生物多样性保护方案需要大量专业知识丰富的人才支持。不过，在全球范围内尤其是在发展中国家，大批优秀学者从事科研工作遇到的困难远远超过他们求学时期所面临的情形。一方面是教育资源匮乏；另一方面，则是职业保障不稳定引发人才流失，这都直接影响到了科学研究领域的人才培养与使用效率，为提高生物多样性保护水平带来了挑战。
八、国际合作薄弱
地球上众多珍稀物种分布跨越国界，如海洋哺乳动物（如鲸鱼）及其栖息地等涉及众多国家水域。这就意味着单一国家努力虽然重要，但要想取得显著效果必须依靠国际合作。如果各国之间没有建立起共享信息、共同管理资源的事务处理模式，那么任何单边行为都难以产生长久有效果，并最终损害全人类共同利益。
九、大众意识觉醒缓慢
尽管媒体不断报道各种自然灾害事件，以及人们日益增长关注环保意识，但是公共舆论对于如何参与到具体行动中去尚需加强。大众普遍认识不到自己的日常生活选择对自然界造成什么样的长期累积效应，因此即便有一套完善的地理空间调控计划，也因缺乏足够民意支持而无法得到全面贯彻执行和维护。因此，要提高公众参与感，是增强区域调控效果的一个关键途径之一。
