技术瓶颈
在污水处理领域，技术进步一直是推动这一行业向前发展的关键因素。然而，由于资金和资源的限制，不同地区之间存在着巨大的差异。在一些发达国家，先进的生物学、化学和物理处理技术已经被广泛应用。但是在许多发展中国家，由于缺乏资金支持，老化的设备和过时的工艺仍然是常见现象。这导致了污水处理效率低下，对环境造成了更大程度上的破坏。
管理问题
除了技术方面的问题之外，污水处理过程中的管理也是一个棘手的问题。有效地监控和控制整个系统是一个复杂任务，它需要高水平的人员培训以及精确的地理信息系统(GIS)数据。此外，还有法律法规不够完善的问题，一些地方政府可能缺乏对污水排放标准进行严格执行的手段，这也会影响到整体治理效果。
生态平衡
随着工业化和城市化快速发展，人类活动产生的大量废弃物开始对生态系统构成威胁。例如，在某些区域内，废弃物质未经充分消毒就直接排入河流或海洋中，这对于鱼类等野生动物造成了极大的伤害，同时还可能引起人群健康问题，如传染病爆发等。而且这些问题往往跨越边界，因此国际合作在解决这些全球性难题上扮演着至关重要角色。
经济成本
尽管现代污水处理设施可以提供高效、高质量的服务，但它们通常具有很高的建设成本，并且需要持续维护。这使得很多国家面临如何通过合适价格来吸引投资者，同时又能保证公众安全、健康和环境保护之间取得平衡成为一项艰巨任务。此外，不少企业由于考虑短期经济利益而选择采用简易但脆弱的手段进行排放，从而加剧了这方面的问题。
社会心理因素
社会心理层面的障碍也是阻碍有效实施及改进污水管理体系的一大原因。人们普遍认为个人行为不会对环境产生重大影响，而忽视了自己日常生活中的小行动如洗澡时使用过多肥皂或不正确倾倒厕纸等都将导致长远后果。而且，大多数居民对于他们所居住社区中发生的事情并不关心，也没有参与到改善本地环境质量决策过程中去，这种无知或者不作为进一步加剧了这个问题。
