生态补偿制度的设计不够科学，缺乏统一标准。目前各地生态补偿标准差异较大，没有形成全国统一的指导原则，这导致了资源配置不均衡和效率低下。例如，在某些地区，对于同样的环境保护项目，给予的补偿金数额可能会有很大的差异，这不仅影响到项目实施者的经济利益，也影响到了环境保护效果的公平性。
生态补偿资金使用不透明，缺乏监督机制。在很多情况下，虽然政府出台了一系列政策来支持生态建设，但具体如何使用这些资金却缺乏有效的监督和管理。这导致了一部分资金被滥用或者浪费，从而削弱了生态建设的实际效果。此外，由于信息公开度不足，一些受益者无法了解自己是否真正获得了应有的回报，更无法对资金使用进行合理监督。
市场机制作用有限，不利于资源优化配置。尽管市场经济在资源配置方面具有巨大的优势，但在生态补偿领域，由于涉及公共产品和共享资源的问题，使得市场价格不能完全反映其真实价值，因此市场机制在这一领域发挥作用受到限制。这意味着，即使是通过市场手段进行生的体验也难以达到最优化状态。
社会参与度低下，没有形成强烈的人文关怀意识。由于多数人对于自然环境损害没有直观感受，所以即便存在相关法律法规，也难以激发社会各界对环境保护工作的大力支持。而且，因为缺乏足够的情感投入和责任认知，大众往往不会积极参与到环保活动中去，而是更多地依赖政府或企业来完成这些任务。
技术进步缓慢，适应能力落后。在快速变化的地球上，我们面临着诸多新挑战，比如气候变化、生物多样性的丧失等问题。但当前我们的技术发展水平还未能满足这些挑战所需解决的问题。这就要求我们必须加速科技创新，并提高适应新形势下的能力，以确保我们的生活方式能够更加可持续，同时减少对自然环境造成的负担。
