制度设计不符合实际情况
生态补偿制度的目的是为了鼓励和支持企业在保护环境、恢复生态的同时，进行可持续发展。然而，这一目标往往因为现行制度设计的问题无法得到有效实现。例如，现有的补偿标准可能过于低廉，以至于不能吸引企业投入更多资源来进行环保措施。此外，一些地区的补偿政策也缺乏灵活性，不适应不同行业和项目的实际需要。
执行力度受限
虽然法律规定了生态补偿的原则，但在实践中，由于监管力量有限，对违反规定或未按要求履行生态保护义务的企业实施处罚并不够严格。这导致了一些企业能够逃避责任，从而减少了生态保护效果。因此，只是简单加强监督检查并不能解决问题，而需要通过改进监管机制来提高执行力度。
资金分配不合理
生态补偿资金来源主要是政府预算或者通过碳交易等市场化方式获得。在分配过程中，往往没有科学准确地考虑到不同地区和产业对环境保护所需资金量大小，这导致一些关键区域或关键项目得不到足够的资金支持。因此，在改革中应考虑建立更加公平、透明且基于数据分析的大规模资金分配体系。
激励机制不足以推动行为改变
目前许多地方仅仅提供了一定的经济利益作为激励手段，但这些利益对于大多数企业来说并不具有吸引力。这使得很多企业并没有真正转变其生产模式，更倾向于寻找其他途径来规避环保成本。而要真正促进行为变化，就需要建立一个全面的激励体系，比如奖惩结合、定期评估绩效等，并且与其他政策工具相结合，以形成连续性的影响。
社会参与度不足
生态补偰系统更应该是一个社会共治工程，它不仅涉及政府，还应该包括社区居民、民间组织以及私营部门等多方参与。不过目前这种合作关系还比较单一，缺乏有效沟通协调机制，使得资源配置效率低下，以及决策时忽视了社区需求和民众意见。此次改革可以探索建立新的合作模式，让各方共同推动绿色发展工作。
