一、生态补偿制度的设计难度
在推动生态补偿制度时，面临着一个既复杂又棘手的问题，那就是如何平衡经济发展与环境保护之间的关系。这种制度旨在通过支付一定金额来鼓励农民减少对自然资源的过度开采和破坏，但这并不意味着简单地向农民提供金钱就能解决问题。
二、市场机制缺失
另一方面，许多地区由于经济发展水平有限，市场机制并不能有效发挥作用。这使得生态补偿政策难以通过市场价格手段实现真正意义上的激励效果。在这样的背景下，即便是加强了生态补偿，也可能无法引起足够多农民参与到可持续农业实践中去。
三、监管执行力度不足
政府部门作为监督和执行生的关键角色，其执行力度直接影响到政策效果。然而，由于资源限制和管理效率低下，一些地方政府往往难以有效监控和实施相关规定，这导致一些不法分子利用法律漏洞进行欺诈，从而削弱了整个体系的合规性。
四、公众认知不足
对于大多数普通百姓来说，环境保护是一件抽象的事情，他们更关心的是眼前的生活状况。因此，当他们看到增加成本后生产成本上升，而自己的收入没有得到相应提升时，便会感到不满甚至抵触，对于加强生态补偿制度产生怀疑或反对的情绪。
五、技术支持不足
现代科技可以为我们提供很多帮助，比如精准扶贫等项目。但是在实际操作中，由于资金投入不足以及技术运用不熟练，这些先进工具未能发挥出应有的作用，加强生态补偰系统也受到了这些因素的影响。
六、国际合作困难
全球气候变化是一个跨国界的问题，因此需要国际社会共同努力。在此背景下，加强国内外合作对于促进国家间在环境保护领域的一致行动至关重要。但是，由于政治利益冲突或者其他原因，使得国际合作变得异常复杂，以至于形成了一种“自救”的局面，不利于全面推广与实施更加严格的生态補償措施。
七、高层次决策挑战
高层次决策者必须考虑到宏观经济稳定与长远发展，以及短期内可能带来的社会矛盾。而这些矛盾往往具有较高的人性化要求，在处理过程中容易出现各种各样的权衡取舍。如果处置不当，将导致政策失效或者造成新的问题，最终阻碍了加强生物多样性的目标实现。
