经济成本过高。加强生态补偿制度意味着需要更多的资金投入到环境保护和生态恢复项目中。这些资金可能会来自政府预算，或者是企业和公民的捐赠。但是，现实情况是，这些资金往往有限，而且分配不均。在一些地区，为了实现短期经济增长而牺牲长期环境利益的情况并不罕见。
法律执行力度不足。虽然理论上说，生态补偿制度是一个强有力的工具，但在实际操作中，它常常因为缺乏有效的监管机制而无法得到妥善执行。这导致了很多违法行为能够逃脱惩罚，从而削弱了整个制度的威慑力。
社会认知差异。不同的群体对于环境问题有着不同的认识和关注程度。在一些地方，居民对当地自然资源破坏并没有足够的意识或担忧，因此即使存在补偿机制，他们也不愿意改变自己的习惯来支持它。
政策连贯性缺失。一个完善的生态补偿体系需要与其他相关政策相协调，以形成一致的声音和行动。但是在现实中，由于各个层级政府之间沟通不畅以及政策制定过程中的时效性问题，使得这种协调作用难以发挥出来。
技术限制。科技进步虽然为我们提供了一系列解决环境问题的手段，但同样也带来了新的挑战，比如如何有效评估、监测和管理生态系统服务，以及如何确保这些服务能持续提供给人类社会。此外，一些技术还可能引起新的环保争议，如风电场建设对野鸭栖息地破坏的问题等。
总之，加强生态补偿制度是一项重要工作，但是要想真正取得效果，就需要综合考虑所有潜在的问题，并采取相应措施来解决它们。这要求政府、企业以及公众都要共同努力，为构建更加可持续发展的地球未来贡献力量。
