政策执行难度大
生态补偿制度旨在通过经济手段保护和恢复自然环境，实现人与自然和谐共生。但是，这一制度的实施面临着多重挑战。首先，政府部门在监督执行方面存在不足，导致一些项目资金被滥用或未按计划使用。在缺乏有效监管的情况下，一些企业可能会以名义上的“生态补偿”来掩盖其对环境的破坏行为。
社会认知不足
社会对于生态补偿的认知程度不高，对这一概念理解有限。这导致了公众对补偿机制信任度低，不愿意积极参与到保护环境中来。同时，由于缺乏普遍接受的标准化评估体系，使得不同地区、不同行业之间关于“哪些行为需要进行生态补偿”以及“什么样的措施可以算作有效”的认识差异很大。
经济成本压力
对于企业来说，加强生态补偿意味着增加额外的开支，这对小型和中型企业尤为沉重。此外，由于市场竞争激烈，大部分消费者并不愿意支付更多费用去支持那些因为加强环保而价格上涨的产品或服务。这种情况下，即使有了政策支持，也难以激发足够规模的人力资源投入到这项工作中。
法律法规落后
现行法律法规对于如何处理由人类活动引起的问题，如土地退化、生物多样性丧失等，并没有明确规定相应的责任归属和赔偿标准。而且，在一些案例中，法院判决往往因证据不足而无法成立，而当事方又不愿意承担责任，从而形成了一种法律空白，让真正负责的人逃脱了责任。
技术应用限制
技术进步虽然为解决环境问题提供了一定的工具，但其应用还远远不能满足实际需求。例如，在森林植树造林、湿地恢复等方面，还需大量时间来观察效果并调整策略。而目前这些技术应用往往缺乏长期跟踪与评估机制，以及科学数据分析能力，使得我们无法准确判断哪些方法最有效，也无法及时调整策略以达到最佳效果。
