政策执行力度不足
生态补偿制度的实施，往往面临着政策执行力度不足的问题。虽然政府层面出台了相关法规，但在实际操作中，由于缺乏强有力的监督和激励机制，很多企业和个人并没有将其作为重视环保工作的一部分，而是选择了以最小化成本来完成补偿任务。这不仅影响到生态环境保护效果，也导致了一些项目资金被滥用或浪费。
经济效益考量过重
在一些地方，生态补偿制度更多地被看作是一种经济手段，用以缓解环境问题而非真正进行环境治理。企业为了降低生产成本，会寻求通过购买绿色认证等方式减少对自然资源的依赖，从而避免支付高额的生态补偿金。此外，对于一些基础设施建设项目，其对环境影响评估可能存在偏差，因此这些项目也难以有效地从源头上预防污染，这进一步削弱了生态补偿制度的实效性。
社会公众参与度低
社会公众对于生态补偿体系缺乏足够认识，不了解自己的行为如何影响自然环境，以及自己应该承担什么样的责任。因此，在公共决策过程中，他们通常不会积极参与，也不会要求企业和政府采取更为严格的环保措施。这种情况下，即使有了较为完善的人工设计，更改不了由于公众不主动行动带来的负面结果。
法律法规与现实脱节
法律法规虽然不断完善，但在实际操作中，却常常发现法律规定与现实情况存在巨大差距。例如，一些地方性的法律规定可能无法适应全国范围内复杂多变的情况；同时，有些地区管理部门因为能力限制、资源匮乏等原因无法有效执行相关政策。这就导致了理论上的好意成为空谈，最终未能达到预期中的效果。
国际合作与国内政策协调难题
国际上关于生物多样性保护和气候变化治理方面有着丰富经验，但国内外标准、技术甚至价值观念之间存在显著差异。在国际合作过程中，要实现知识共享、技术转移以及最佳实践模式的引入并不容易。而且，与此同时，国内各个地区因地利益不同，其发展战略及政策优先级也不尽相同，这也使得跨区域、跨行业的大规模合作变得更加复杂。如果不能解决这一问题，就很难形成一个统一、高效的情景，以推动整个国家或地区向更加可持续发展方向迈进。
