在进行非最终灭菌产品的过滤除菌操作时，必须遵循以下规则：首先，不得将需要最终灭菌的药品替换为过滤除菌工艺。对于无法在最终包装容器中实施灭菌的药品，可以使用0.22微米或更小、相同或更高效率的过滤器，将药液通过它来达到预先被灭菌的容器内。在考虑到过滤除菌无法完全去除病毒和支原体后，可采取热处理措施来补偿这一不足。
其次，应采取措施降低过滤除菌带来的风险。建议安装两层已被灭菌的双层滤筒罐型过滤器再次对药液进行过滤，并确保最后一层用于接近灌装点。每一次使用完毕后的双层滤筒罐型过滤器都必须立即执行完整性检查并记录下来，常见方法包括起泡点试验、扩散流试验或者压力保持试验。
此外，整个過濾滅菌過程都需要经过驗證，以確定處理一定量藥液所需時間以及兩側壓力的變化。在任何異常情況下，如處理時間或壓力偏離正常範圍，都應該記錄並進行調查，其結果也應該列入批量記錄中。此外，对于同一规格和型号的双层 滤筒罐型 过滰滅斜 使用时间限制，也应该经过验证，一般情况下不超过一个工作日。
图一展示了生物制药领域中的典型過濾工藝流程；图二则展示了大小输液過濾（LVPSVP）的具体应用；而图三显示了API原料药在過濾过程中的特定步骤。
