在进行非最终灭菌产品的过滤除菌操作时，必须遵循以下规则：首先，不得将需要最终灭菌的药品替换为过滤除菌工艺。对于无法在最终包装容器中进行灭菌的药品，可以使用0.22微米或更小、相同效力的除菌过滤器，将药液通过它并转移到预先被灭菌的容器中。然而，由于这种过滤过程无法完全去除病毒和支原体，因此通常会采用热处理方法来补充其不足之处。
其次，要采取措施降低过滤除菌带来的风险。在实际操作中，建议安装两套已被灭菌的过滤器，并且让最后一套接近灌装点。这有助于确保药液经过两次有效的消毒处理。
当使用完毕后，每个用于过滤除菌的设备都必须立即进行完整性检查，并记录下来。常用的检查方法包括起泡点试验、扩散流试验或者压力保持试验。
此外，所有涉及到过滤除菌工艺的地方都应当经过验证。在验证过程中，应确定在一定量药液上所需时间以及两个方向上的压力变化情况。如果发现任何异常，比如超出正常范围内的时间或压力，都应当记录并调查原因，最终结果要包含在批生产记录里。
至于同一型号和规格的一次性用途限度，也应该通过验证来确定，一般来说不超过工作日内连续使用。图一展示了生物制剂中的一个典型例子——生物制剂生产中的通风系统设计；图二展示的是大小输液分离技术（LVPSVP）；而图三则是API原料药处理和净化步骤中的关键环节——API材料筛选与悬浮沉淀处理技术。
