选择合适的滤膜，关键在于其化学相容性与过滤液体之间的匹配。尼龙膜和亲水PTFE膜因广泛的化学稳定性，常用于HPLC相关的应用，可处理水溶液和有机溶剂。亲水PVDF和PES膜，由于低蛋白吸附特性，主要用于蛋白质溶液过滤，并能耐受温和有机溶剂。疏水PTFE膜则以广泛化学相容性著称，对有机溶剂过滤效果出色。而MCE膜，则专注于水溶液过滤及分析监测。
聚醚砜（PES）滤芯采用德国进口材料，以高亲水、高低蛋白吸附性能闻名，用途包括对抗细菌污染的清洁工作。聚四氟乙烯（PTFE）滤芯分为亲水型与疏水型，以绝对精度著称，在气体净化、酸碱及各种有机物质中表现卓越。此外，还有一种聚偏二氟乙烯（PVDF）滾芯，其亦可分为亲湿与疏湿两种，与PTFE类似，在气体净化及多种腐蚀性的介质中的使用都非常理想。
尼龙（N6N66）类型带电荷涂层可分为两款，每款均具备绝对精度，可以应付较多类型如有机物品以及微生物净化任务。而聚丙烯（PP）材质虽然仅提供相对精度，但适用范围广泛，适用于所有类型澄清流动、预处理、颗粒去除以及高级流动净化。
混合纖維素材質（MCE）的親濕型由于低蛋白吸收特性，也是首選之一。在此之上還有一種活性炭纖維過濾器，這種產品不僅具有較高的過濾效率，而且擁有人體對於異味、顏色與污染物等成分過濾能力。此外玻璃纖維也是一個選項，它們通常用於預過濾或氣體處理，因為它們提供了足夠粗糙來捕捉大部分固態雜質，但並不適合細粒或淨化目的。
