一、资源有限，成本高昂
生态补偿制度的实施需要投入大量资金用于环境保护项目，这对于经济发展水平较低的国家或地区来说是一笔不小的开支。因此，不加强生态补偿制度的一个重要理由是担心会增加财政负担，从而影响到其他重要领域如教育、医疗等公共服务项目。
二、政策执行难度大
尽管理论上说加强生态补偿制度可以提高环境保护效率，但实际操作中存在很多挑战。比如，如何确保企业支付了正确金额？如何防止金钱流向不正当渠道？这些问题都要求政府在执行过程中投入大量人力物力去监管，这也是一个重大的社会成本。
三、激励机制不足
如果没有合理的激励机制，即使加强了生态补偿制度，也难以有效地促进企业和个人参与到环境保护中来。例如，如果企业支付了额外费用但并未得到相应的市场利益回报，那么它们可能会寻求其他更有利可图的手段，而不是真正地改善其环保表现。
四、法律法规缺失完善性
为了确保生态补偿能够发挥作用，需要有一套完整且严格的法律法规体系。但现实情况是许多国家和地区在这一方面仍然存在不足。在一些地方，相关法律条文模糊不清或者执法力度不足，都导致了对生态补偿制度的一些疑虑和质疑。
五、公众意识低下
即便有了完善的法律体系，如果公众对环境保护认识不到位，对于绿色产品和环保活动持怀疑甚至抵触态度，那么整个生的循环也将受到影响。这就意味着，无论多么完善的地方法律，只要民间没有积极参与，就很难通过市场手段推动节能减排工作。
六、国际合作困难
由于不同国家对于全球气候变化的问题认知程度差异巨大，加强跨国界合作成为一种挑战。如果某个国家认为自己已经做得足够多，不愿意进一步承担更多责任，那么所有人的努力都可能白费，因为全球性的问题往往需要全球性的行动来解决。而单边主义思维则阻碍了这种合作精神的大规模开展。
