生态补偿制度在推行过程中存在诸多困难，尤其是在实施细节上。例如，对于具体的生态服务价值进行评估和量化是一个复杂的问题，需要跨学科团队的共同努力，但实际操作中往往缺乏足够的人力资源和技术支持。
另外，生态补偿制度中的资金分配问题也是一个棘手的难题。如何确保资金能够有效流向最需要保护自然资源的地方，而不是被滥用或浪费，这是当前生态补偿工作面临的一个重大挑战。
政策执行者之间协调配合不够紧密，也是制约生态补偰系统发展的一个重要因素。在不同的地区和部门之间，不同利益相关者的观点可能会产生冲突，从而影响政策的有效执行。
社会公众对环境保护意识不足，使得一些地方政府在实施生态补偰措施时遇到抵抗甚至反对的情况。因此，加强公众教育和提高环境意识至关重要，以便更好地获得社会支持。
最后，由于经济发展水平差异较大，一些欠发达地区在实施生态补偰措施时面临着巨大的财政压力。这要求中央政府提供更多支持，同时也鼓励国际合作，为这些地区提供必要的技术援助和资金帮助。
