生态补偿成本过高，可能对企业产生压力
生态补偿制度的实施往往需要政府投入大量资金来支付给环境保护和恢复项目，这一成本对于一些小型或中型企业来说是相当沉重的。这些企业可能已经在努力维持自身经营，无法承担额外的经济负担。如果生态补偿费用过高，不仅会影响企业的正常运营，还可能导致部分企业破产甚至关门，这样反而有害于环境保护。
环境保护效果难以衡量和监督
虽然生态补偿制度旨在通过金钱激励来促进环境保护，但实际操作中如何评估和监督这一效果却是一个复杂的问题。由于监管体系存在漏洞，一些公司可能会利用手段减少实际投入，从而获得不必要的大笔金钱。这不仅浪费了国家资源，也削弱了整个生态补偿机制的合理性和有效性。
生物多样性恢复需要时间长期跟踪
生物多样性的恢复是一个漫长且耗时过程，它涉及到自然栖息地修复、野生动植物种群数量增加等多个方面。短期内即使进行了巨大的投资，很难立即看到明显成效。而现行的一些监管措施往往更注重眼前的结果，而忽视了长远目标，这就像治标不治本，只能暂时缓解问题，最终并未解决根本问题。
法律法规执行力度不足导致政策失效
如果没有足够严格和全面执行法律法规，那么任何形式的生态补偿都将无法发挥应有的作用。在很多情况下，由于执法人员缺乏专业知识或者受限于资源限制，他们无法有效地监督和执纪，使得那些应当受到惩罚但仍然违规行为者能够逃脱责任，从而破坏了整个制度运行中的公信力。
社会公众参与意识不足影响政策实施效果
一个健康的人口对于环保工作至关重要，他们可以通过改变消费习惯、参与社区活动等方式支持绿色发展。但现实中，大部分民众对环保知之甚少，对其认知还停留在表面的层面上，因此他们并不积极参与到这项工作当中去。当社会各界缺乏共同推动力的时候，无论是法律还是经济手段，都难以真正触及到每个人的日常生活，并因此影响着整体节能减排水平提升。
