经济发展与环境保护之间的矛盾
在追求经济增长的同时，政府和企业需要投入大量资金来采取措施减少污染、恢复破坏了自然生态系统以及执行环保法规。这些成本直接影响到生产力和投资回报率，这使得企业认为增加对环境友好型技术或是改变生产方式会降低竞争力。因此，他们可能不会积极参与到加强生态补偿制度中去。
政策不完善导致效率低下
目前很多国家对于生态补偿机制设计不够完善，缺乏明确且可执行的政策标准。没有一个统一、公正且能够激励所有利益相关者共同参与进来的机制，使得一些重要环节无法得到有效管理，比如说，对于那些小规模农民或者是边缘地区居民来说，参加生态补偿项目往往是一种额外负担而非一种收益来源。
社会认知与行为转变缓慢
社会成员对于环境问题认识不足，对于个人行动对整体环境影响持怀疑态度。这意味着即便有了法律规定，也很难从基层社会中获得足够的人力资源来实施和维护这些计划。此外，由于信息传播受限，不同区域间存在差异，这也进一步阻碍了人们接受并支持新兴生的绿色理念。
国际合作困难导致资源分配不均
国际上关于生物多样性保护等议题上的协调工作并不顺畅，有些国家出于自身利益考虑拒绝加入全球性的治理体系。在这种情况下，即便有了一套理论上优越的生态补偿制度，它也无法得到充分实施，因为缺乏跨国界合作限制了其扩展范围和深度。
技术创新不足以支撑成本需求
尽管科技不断进步，但当前市场上还没有普及使用的一套既能有效减少对自然资源依赖，又能保证经济效益并兼顾社会责任感的大规模应用技术。这意味着推动行业向更为可持续方向转型需要时间，并且这过程中的短期内将带来额外开支，而未必能立即看到显著成果，从而让人犹豫是否进行投资。
劳动力成本压缩空间有限
在面临全球化背景下的竞争压力之下，许多制造业公司正在寻找切割成本的手段之一就是通过减少劳动者的工资或改善条件。一旦被要求支付更多用于保护自然环境或生物多样性等方面，这些公司可能会选择提高产品价格以保持利润水平，而不是调整其业务模式以符合新的环保标准。
