高额成本难以覆盖
生态补偿制度的实施往往伴随着巨大的经济成本。为了确保生态保护效果，政府和企业需要投入大量资金用于植树造林、恢复湿地、建立自然保护区等项目。然而，这些费用通常是由纳税人支付的，而这些费用可能无法得到充分利用，因为部分项目可能因为种种原因（如恶劣天气、缺乏维护或管理问题）而失败，从而造成资源浪费。
行业扭曲和机会主义行为
在一些地区，为了获得补偿金，企业和个人可能会采取不正当手段，如伪造环境影响报告书、违规砍伐森林或者故意破坏原有生态系统，以此来获取更多的补偿金。这类现象导致了市场扭曲，使得真正致力于环境保护的人难以获得公平竞争的情况发生。此外，这也鼓励了一些商家进行机会主义行为，即只关注短期利益，而忽视长远环境影响。
缺乏有效监管机制
虽然生态补偿制度设立初衷是为了促进可持续发展，但实际操作中却常常缺乏有效的监督与执行机制。一些地方政府或者相关部门在处理申请时存在权力滥用现象，有时候甚至直接将这种补贴作为一种政治回报或者交易对象。在这种情况下，资金被用于非环保目的，比如支持特定产业或参与政治活动，这进一步削弱了生态补偿制度对环境保护作用。
不均衡分布和效益转移
在不同地区实施同一套政策时，由于各自的地理条件、经济水平和社会文化背景差异较大，因此产生了不均衡的问题。一方面，一些富裕地区通过高效率、高标准完成项目从中获利最大化；另一方面，对于贫困地区来说，无论如何努力都难以达到预定的目标，只能接受少量的小额補償。而这就导致了财富向中心城市集中的问题，也让人们质疑这份“補償”的真实性以及其对全体人民是否公平。
过度依赖政府引导型措施
目前许多国家对于如何实现可持续发展仍然过分依赖政府引导型措施，如强制性的法律法规来控制污染物排放或限制土地开发，而不是鼓励市场力量自动调节。这样的做法使得企业更倾向于寻找法律漏洞逃避责任，并没有激发他们内部环保意识及创新能力，从根本上解决环境问题。在这个过程中，不仅是企业受到限制，更重要的是民众对于自身行动所产生影响认识不足，没有形成积极参与到绿色生活方式转变中的动力。
