政策执行力度不足
在理论上，生态补偿政策是政府为了保护自然资源和生态环境而采取的一种经济手段。然而，在实际操作中，由于缺乏强有力的法律支持和严格的监督机制，这一制度往往难以得到有效执行。地方政府可能因为资金短缺、行政能力有限或者对经济发展压力大，而选择将这一政策搁置不管。
社会公众意识淡薄
虽然现代社会越来越重视环境保护，但仍然有一部分人认为参与生态补偿是一种负担，是减少个人利益的一种牺牲。而且，由于信息传播不充分，大多数市民对于生态补偿制度的认识并不深入，他们不知道如何通过合理利用现有的法律法规，为环境保护做出自己的贡献。
经济效益难以体现
从纯粹经济角度来看，很多企业和个体都希望最大化其收益，而不是投入到长期但低效益的事业中去。因此，即使存在了生态补偿制度，它们也可能选择寻找其他更直接、更高效率的方式来实现利润最大化，从而绕开或忽视这一制度。
技术支持不足
技术进步是推动任何行业发展的一个重要因素。在生态补偿领域，技术上的落后导致了许多环保项目无法有效实施。此外，一些先进技术在成本上相对较高，对于一些小型企业来说，其使用成本过高，因此他们很难接受这些新兴技术，使得整个系统更加臃肿无力。
国际合作与标准差异
国际间关于生物多样性保护等方面存在着不同的标准和协议，这就给国内的实践带来了挑战。例如，一些国家对于自然资源损失赔偿金定的非常低，与国际标准相比差距巨大。这就意味着即便我们加强了国内生的确切的是一种表面功夫，不足为奇地还是要面临国际市场上的竞争压力，从而影响我们的整体工作成效。
