生态补偿资金分配不透明，难以形成公信力
生态补偿制度的设计和实施过程中，存在着资金分配的不透明问题。具体来说，在政府层面上，由于行政决策的权力集中，往往没有足够的监督机制来确保资金被有效地用于环境保护项目。这导致了民众对生态补偿政策的质疑和失去信心。例如，一些地区可能因为官僚主义或者利益冲突而导致环评报告被忽视，从而使得原本应该用于生态恢复和保护的资金流向了其他非环境相关领域。这样的情况不仅影响了生态修复工作，也削弱了整个生态补偿体系。
环境监管执行力度不足，不到位
环境监管是确保生态补偿效果的一个关键因素。如果监管不到位，那么即便有大量资源投入到环境保护项目中，但由于缺乏有效监督和执法，最终也无法达到预期效果。在一些地方，环保部门在执行职能时存在软性，这种软性的体现包括减少对企业违规行为的处罚、放宽环评标准等，使得企业在进行生产活动时更加倾向于追求短期利润，而不是长远可持续发展。
社区参与度低下，没有形成共识
生态补偿制度需要社区成员积极参与，以确保项目能够得到他们的心理认同和实际支持。但是在实践中，由于信息沟通不足以及缺乏有效激励机制，大多数居民并未真正成为这项政策中的重要力量。这种状况导致了一些社区成员对于生的改善措施持怀疑甚至反对態度，因为他们认为这些措施并不符合自己的利益或需求。
技术应用落后，不适应动荡变化
随着科技进步，加强生态修复技术日益成为推动环境治理深入发展的手段之一。不幸的是，一些地区对于新技术采用迟缓，对传统手段依赖过重，这直接影响到了提高效率、降低成本以及提升治理成效方面。一旦遇到突发自然灾害或者特殊气候条件下的紧急情况，如果没有及时采纳先进技术，就会造成应急响应滞后，从而进一步加剧环境恶化。
法律法规框架尚未完善，有待优化
在当前我国法律法规体系中，对于生物多样性保护、土地利用规划等方面还需进一步完善。而且，即使已经有一定数量法律文件，它们之间相互间接作用并不充分，因此很难形成一套完整、高效运行的法律框架。此外，由于立法更新周期较长，新出台的一系列相关规定需要一定时间才能逐步落地施行，而这个过程中也容易出现政策变动带来的市场波动，以及对各级政府管理能力要求增加的情况。
