一、制度设计的不足
生态补偿制度是为了鼓励企业和个人在进行开发活动时对环境有所补偿，以此来减轻对自然环境的破坏。然而，现实中，这种制度往往被认为是过于苛刻或者不切实际，从而导致了其效果的显著下降。
二、执行力度的问题
尽管生态补偿制度已经存在，但在实际执行过程中却常常被忽视或推诿。例如，一些地方政府由于考虑到经济发展可能会压缩或放宽相关规定，使得生态补偿成了名存实亡的事情。这直接影响到了政策的有效性，对保护自然资源产生了消极作用。
三、公众参与度不足
为了确保生态补偿机制能够顺利运行，需要广泛征求公众意见并获得他们的积极参与。但遗憾的是，在很多情况下，公众对于这项政策了解不够深入，他们没有足够的情感投资去关注和支持这一事业。因此，无论是在立法还是实施方面，都缺乏必要的人文关怀和社会共鸣。
四、资金来源问题
为实现有效地进行生态补偿，我们需要一个稳定的资金来源。如果这些资金不能得到妥善管理，就很难保证资金能够按时投入到真正需要的地方。在现实生活中，由于预算紧张或者其他原因，有时候即便有了法律规定，也难以保证每一次投入都是高效且可持续的。
五、监管体系建设不完善
为了确保每一笔金钱都能用起来，同时也要确保其使用符合既定目标，还必须建立起一个健全、高效且透明的心理监督体系。然而，这样的监管体系在很多国家尚未形成，导致大量款项流向非目的地，或造成滥用甚至腐败现象，从而削弱了整个系统的一致性与权威性。
六、文化价值观念差异
不同的文化背景下，对于如何平衡经济发展与环境保护有着不同的看法和理解。在一些地区，人们更倾向于追求短期内经济收益，而忽视长远之策。而另一方面，在一些拥有较强环保意识的小范围区域，即使是最基础的人类价值观念也会促使他们更加重视这种互惠互利关系。
七、科技进步带来的挑战
随着科技不断进步，不同形式的事物如可再生的能源技术等出现，它们提供了一种新的方法来减少对传统资源（如化石燃料）的依赖，并可以作为一种替代手段来实现低碳节能。这就意味着原本通过加强生态补偿措施维护的大量生物多样性的特定领域现在可以通过更先进的手段得到维护，因此是否继续加强这些措施就成为了一个值得探讨的问题。
八、大规模项目面临困境
面对大型项目，如大型工程建设项目，其规模巨大直接关系到国家甚至全球整体发展，因此在选择是否采纳新技术或旧技术上通常会考虑到宏观层面的影响。此外，大型项目涉及到的利益团体众多，使得单纯依靠法律条款是不足以调动各方共同行动的情况下的政治力量所需达到的效果无疑是一件复杂而艰巨的事务。
九、小企业承担重负问题
小企业因为其相对有限的地位和财力一般来说比不过那些大的跨国公司，所以当它试图履行自己的责任时，比起那些工业巨头来说付出的努力似乎微不足道。这可能会导致它们感到无助，只好寻找其他方式来规避责任，从而进一步削弱整个系统内部协作能力，让整个计划变得脆弱无力施展其应有的功能作用。一旦这个趋势蔓延开，将严重损害我们的自然环境，因为这将让许多关键因素从其中退出游戏，而不是像我们希望那样增加更多贡献者加入其中帮助做出改变。
