制度成本高昂：
生态补偿制度旨在通过经济手段保护和恢复自然环境，但其实施成本往往是非常高昂的。从项目评估、规划设计到监管执行，每一步都需要投入大量的人力物力财力。这不仅包括对受益者进行经济补偿，还包括对环境影响者的重新安置以及必要的基础设施建设等。这些成本不仅增加了政府和企业的负担，也可能导致资源分配上的不平等，给社会带来额外压力。
效率低下：
生态补偿机制面临着如何有效地将资金用于最有价值的地方这一挑战。由于缺乏完善的监督体系和激励机制，有时候资金可能被滥用或者没有达到预期效果。在一些情况下，资金可能被用于非直接相关项目，如教育或医疗，而不是真正解决生态问题，这种现象称为“福利滥用”。此外，由于信息不对称和监管能力有限，对于具体项目是否真的有效地保护了环境很难做出准确判断。
市场干预作用强烈：
生态补偿政策通常会介入市场运作，以改变生产者行为，使之更倾向于可持续发展。这一干预虽然可以促进绿色产品和服务，但也可能引起市场扭曲。例如，过度依赖价格手段来调节生产行为，可能会导致供需失衡或产能过剩。此外，如果政策设置不当，还可能导致企业寻租，即通过非正当手段获取利益，从而削弱了生态保护效果。
公众参与度低：
在很多情况下，生态补偿政策并未充分考虑到当地社区居民对于自然资源使用习惯及其文化认同的情感需求。这样的政策如果没有充分征求民意，不但无法获得民众支持，而且还容易造成社会矛盾。在实际操作中，要想提高公众参与度，就需要更深入地理解不同群体对于自然资源利用方式的需求，并且在决策过程中提供更多机会让他们发表意见。
法律法规落后：
生态补偿制度所依据的是一系列法律法规。如果这些法律法规在内容上存在漏洞，在执行上缺乏明确性，那么整个制度就无法得到有效实施。一旦遇到争议，比如关于土地权属、利益归属等问题，就很难找到合适解决方案。此外，与国际标准相比国内的一些地方性规定也存在差距，这使得跨国公司在某些地区进行投资时能够更加灵活避税，从而减少了实际性的环保效果。
