一、经济效益取代了生态保护
在一些地区，生态补偿制度被用来作为一种经济手段，而不是真正的环境保护措施。企业为了减少成本和增加利润，可能会通过支付较低的补偿金来购买自然资源使用权，从而导致环境破坏问题得不到有效解决。
二、政策执行缺乏监管力度
虽然生态补偿制度在理论上是为了鼓励可持续发展，但在实际操作中往往缺乏严格的监管和执行力度。没有强有力的法律支持和执法机制，违反规定的情况常有发生，这不仅影响了政策效果，也削弱了公众对环保行动的信心。
三、公众参与不足
加强生态补偿制度需要广泛征集公众意见和参与，但现实情况是，大多数居民对于这种制度了解不够，他们不知道如何为自己的社区提出建设性的建议或投诉。这使得决策过程缺乏民意代表性，同时也限制了社会各界对这一政策改进能力。
四、资金分配不均衡
有些地区因为历史原因或者政治因素，其获得生态补偿资金的机会较小，这种不平等分配导致了一些区域无法得到应有的环境保护资源。这不仅影响到这些地方的人们生活质量，也让他们失去了对政府履行职责的一部分期待。
五、技术落后与管理混乱
许多地方由于科技水平有限，以及管理体系复杂繁琐，难以高效运转，使得整个生态补偿系统出现效率低下的问题。这种状态下，即便有好的意图也不容易转化为实际成果，为此，加强技术支持和优化管理流程显得尤为重要。
六、激励机制存在问题
如果没有合理设计的激励机制，那么企业可能不会积极参与到环保活动中去。在某些情况下，即使支付了相应费用，他们依然可以通过各种方式逃避责任，比如污染排放标准超标等，这样就降低了整个制度的效果并且增大了成本。
七、大规模项目面临挑战
尽管单个项目能够成功实施，但当涉及到大型工程时，由于其规模庞大所需资金巨大，对于地方政府来说承担起这份责任并不容易。此外，大型项目往往会遇到更大的抵抗，如土地征用引发农民异议等，因此在实施前后都需要进行周密规划与准备工作。
