在推动生态文明建设的过程中，生态补偿制度被认为是实现自然资源和环境功能价值转化为经济效益的一种重要手段。然而，实际操作中遇到的诸多问题使得不是加强生态补偿制度的理由成为人们讨论的话题。
首先，政策执行难度大。生态补偿制度需要政府、企业和公众三方共同参与，但由于缺乏统一标准和有效监管机制，使得各方对于如何进行补偿存在严重分歧。在一些地区，由于缺乏明确的法律法规支撑，加上管理不善，一些项目难以顺利实施，这直接影响了补偿效果。
其次，资金来源问题突出。为了真正实施并维持长期的生态保护工作，不仅需要大量资金，还需确保这些资金能够稳定而持续地投入到相关领域。这要求政府有足够预算支持，同时也要考虑到企业投资回报的问题，因为没有现金流或高额收益，他们往往不愿意投入这方面的资金。
再者，公众参与度不足。当涉及到土地征用或者林木采伐等敏感事项时，不少居民担心自己的利益受损，而对生活方式变革持怀疑甚至反对态度。因此，即便有了完善的人工造林计划，也难以获得社区居民的大力支持，这也是制约生态补偿体系发展的一个重要因素。
此外，对于不同地区差异巨大的情况下，加强生物多样性保护和森林恢复等工作面临着挑战。一旦政策过于单一，不适应当地特色的措施很可能无法得到地方政府或民众认同，从而导致资源配置不合理和效果低效。
另外，在国际合作方面，有些国家可能因为自身经济条件限制，或是其他更迫切的人类发展需求，比如贫困削减与社会福利提升等优先级选择，而忽视了环境保护任务。这意味着尽管理论上可以通过国际合作来解决某些区域性的环境问题，但在实际操作中却面临着跨国界协作上的艰难险阻。
最后，由于科技进步快速，加之新兴产业不断涌现，如可再生的能源产业、生物技术产业等，其对传统工业模式构成冲击，使得原有的经济结构调整带来的市场失业率增加，再加上气候变化给农业生产带来的负面影响，都使得提高公众接受度成为一个前所未有的挑战。此时，要想让他们理解并接受新的绿色消费理念及其背后的经济代价变得更加困难。如果不能平衡好这些矛盾，就会出现各种形式的手软行为，最终导致整个系统运行失常，并且破坏了整体目标——即达到可持续发展状态。
