即使是准备了4年之久，在不同行业和地区都进行过试点，营改增全面推行之后仍会遇到意想不到的问题。
5月6日，E20环境平台与毕马威合作举行“第61期环境产业战略沙龙”，来自30多家环保企业的财务负责人围绕“营改增对环境产业的影响及对策”展开热烈讨论，多家企业反映税负不降反增。
“营改增牵一发而动全身，不光是企业财务税务部门的事，还涉及到法律、采购、业务、研发、设计等各个部门。”毕马威企业咨询(中国)有限公司税务合伙人沈瑛华表示，营改增不是简单“改革”，而是一场“”，企业的整个经营模式都会因此发生变化。
针对企业反映较多的抵扣进项少、政策不明确、各地解释不一致等问题，E20环境平台高级合伙人王立章表示，环保企业一要积极应对，二要积极诉求，E20环境平台将汇集企业建议和意见，推进政策更好地利于产业发展。
“牵一发而动全身”
去年6月，财政部和国家税务总局印发《资源综合利用产品和劳务增值税优惠目录》(财税[2015]78号)(以下简称“78号文”)，取消了污水处理、再生水等业务的免增值税政策。如今，“78号文”余波未平，营改增又来了。
沈瑛华告诉《华夏时报》记者，5月1日开始，营改增全面推行，金融服务业的税率由5%变为6%，房地产业由5%变为11%，建筑业则由3%变为11%。由于环保企业的业务类型涵盖设备供应、设计服务、建筑和投融资等，所以不同业务的税率也不一样，设备供应的税率是17%，设计服务为6%，建筑业则由3%变为11%;投融资方面，此前以无形资产或不动产入股的不需要缴纳营业税，营改增后则要计算应纳税率。
PPP项目更为复杂，设立阶段的变化与投融资相同，此前以无形资产或不动产入股不需要缴纳营业税，营改增后，不动产入股的根据不同情况适用5%或11%的税率，无形资产入股的则适用6%的税率;投融资阶段，向方支付的利息、投资手续费、咨询费等是没有进项可以抵扣的;建设阶段，不动产的在建工程可以分两年进行抵扣，设备采购、运营维护等则不在此范围中;移交阶段，使用权移交不涉及增值税问题，资产移交则需要缴纳增值税;如果有并购，股权并购没有增值税的影响，资产并购(除整体业务转让外)要缴纳增值税。
