为学习运用“千万工程”经验，深入打好农业农村污染治理攻坚战，指导各地组织开展农村黑臭水体治理工作，解决农村突出水环境问题，推动工作取得实效，生态环境部联合水利部、组织修订了《农村黑臭水体治理工作指南》，适用于农村黑臭水体的定义识别、排查与清单编制、成因分析、系统治理、长效管护、成效验收等工作。
所谓农村黑臭水体是指城市建成区或城镇开发边界以外的行政村(社区)范围内颜色明显异常或散发浓烈(难闻)气味的水体，可通过感官判断-公众评议-水质检测手段进行判定，前一步骤不能判定为黑臭水体的，则进行下一步骤，前一步骤可判定为黑臭水体的，则不进行下一步骤。其中水质监测指标包括透明度、溶解氧、氨氮3项指标，阈值如下表，指标中任意1项达到阈值要求即判定为黑臭水体。
不判定为农村黑臭水体的特殊情形：
1.无污染源、仅透明度单项指标超标的水体。对因自然因素(如暴雨等)或非排污行为(水体周边农田耕作翻土等农事活动、工程施工等)导致水体只有透明度指标超过阈值，不判定为黑奧水体。
2. 农村污水治理中作为污水收集、输运和处理系统的水体。如收集农村生活污水并输运至污水处理设施的加盖的村庄边沟等非管道收集系统形成的水体;或者未加盖的边沟，但排水通畅，感官不黑不臭;本身作为污水处理系统一部分且运行正常的水体，如人工湿地、氧化塘等，此类水体不判定为黑臭水体。
农村生活污水治理：
以污水减量化、分类就地处理、循环利用为导向，综合考虑农村区位条件、地理气候、地形地貌、经济发展水平、村庄常住人口数量及分布、污水实际产生量、集中收集难易程度、排水去向、区域水环境质量改善需求和农民生产生活习惯等，采取管理、工程等措施，因地制宜选择治理模式。
优先采取资源化利用的治理模式。常住人口较少、居住分散，以及具备环境消纳能力(包括水环境容量、土地消纳能力)的村庄,特别是位于非环境敏感区，或者干旱缺水的村庄，可充分借助农村地理自然条件等，在按照《农村厕所粪污无害化处理与资源化利用指南》等相关规范标准对厕所粪污无害化处理的基础上，与农村庭院经济和农业绿色发展相结合，就近就地实现农村生活污水资源化利用。对距离城镇较近且具备条件的村庄，可采取纳入城镇污水管网/厂的治理模式。将生活污水直接纳入城镇污水管网进行处理，或建设集中收集贮存系统并将生活污水转运至城镇污水处理厂进行处理。
人口集中或相对集中的村庄，因地制宜采取相对集中式或者集中式处理模式。农村生活污水处理技术或技术组合的选择，要统筹考虑污水水质水量及其变化特点，以及区域水环境改善需求，确保处理设施可靠稳定运行，运行维护成本与当地经济可承受能力相适应，运行维护技术要求与当地管理能力水平相适应。其中，不临近重要水体且污染物浓度较低的生活污水，可结合环境景观建设，采用人工湿地、土壤渗滤等生态处理技术(自然处理技术)，并加强隔油、沉淀等预处理，定期对生态处理系统进行养护;污水水质水量波动较大的村庄，宜采取抗冲击负荷能力较强的处理工艺(如生物膜法)，并加强水质水量调节;靠近重要水体的村庄，宜采取污染物去除率更高的处理工艺( 如活性污泥法，但进水COD平均浓度较低，特别是低于80毫克/升的，不宜采用)。
对于利用村庄边沟作为排水系统的，在平原等地势标高满足排水坡度要求、重力流排水顺畅、周边居民可接受的前提下，可采取边沟封闭式改造措施，但要避免水流不畅、流速变小、底泥淤积形成黑臭水体。
